토지건물이 수용(협의)되어 보상되는 경우에는 보상금이 적정한지뿐만 아니라, 세금도 반드시 고려해야 하는데, 부동산 관련한 세금(양도소득세, 대체취득 시의 취득세, 부가가치세)의 구체적 사항은 담당세무사님 또는 국세청 등에 문의해야 하나, 문의시 필요한 사항에 대해 안내하오니 참고하시기 바랍니다.

토지건물에 대해 사업시행자 제시 협의 보상금을 수령하는 경우, 또는 그 협의 보상금이 지나치게 저가보상이어서 증액불복절차를 거쳐 수용재결 보상금에 이어 이의재결 추가 증액금을 수령하는 경우에 양도소득세 신고대상인지 확인해야 하고, 양도소득세 신고 대상인 경우에는 양도소득세 감면을 위해 토지 등 수용사실 확인서 발급을 요청해야 합니다.
1. 양도소득세 감면을 위한 토지 등 수용사실 확인서 발급
조세특례제한법에 따라 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으므로,
토지 등 보상으로 인해 양도소득세 신고 대상인 경우에는 담당세무사님 등에게 문의하시고, 세금감면을 위해서는 토지 등 수용사실확인서를 발급받아 담당 세무사님에게 전달해야 합니다.
양도소득 과세표준을 양도일(수용재결 보상금 지급일 또는 공탁일)이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하고, 양도소득세를 납부해야 하는데, 양도소득세 과세표준 신고를 양도한 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 하지 않은 경우 국세기본법 제47조의 2에 따라 가산세가 부과되므로 양도소득세 계산, 각종 공제, 양도소득세액 감면대상, 확정신고 등 세금 관련 사항은 담당세무사 또는 주소지 관할 세무서에 직접 반드시 문의하시기 바랍니다.
양도소득세 감면을 위한 토지 등 수용사실확인서는 협의 성립 이후, 또는 수용개시일 이후 사업시행자에게 요청하는데, 구비서류는 소유자 신분증 사본이고, 대리인 신청 시 소유자 인감도장 및 인감증명서 1부와 위임장 1부, 대리인 신분증 사본이 일반적입니다. 지자체 등이 아니라 민간 사업시행자가 시행하는 공익사업의 경우에도 수용사실확인서 발급이 가능하므로, 재개발조합, 민간 사업시행자 등 보상금 지급주체에게 문의하시면 됩니다.

2. 토지수용 등으로 인한 대체취득시 취득세 감면을 위한 토지 등 수용사실 확인서
현지인으로서 보상금을 마지막으로 받은 날(현금 수령시에는 보상금을 마지막으로 받은 날, 재결 공탁 시에는 공탁일)로부터 1년 이내(직접 경작할 목적으로 취득하는 농지의 경우 2년 이내)에 이를 대체할 지역에서 부동산 등을 취득한 때에는 지방세특례제한법 제73조에 따라 보상금의 범위 이내에서 새로이 취득하는 부동산 등의 취득세는 부과되지 않습니다.
대체취득 비과세 적용은 수용된 분과 대체취득한 분이 동일해야 적용받을 수 있으며, 대체취득에 대한 취득세를 비과세 받으려 하는 경우에는 과세기관(행정관청)에 토지 등의 수용확인서를 제출하여야 합니다. (대체취득 비과세와 관련하여, 취득세는 보통 등기신청시 법무사를 통해 진행되므로, 세무사 또는 법무사를 통해 취득세 과세기관에 감면 또는 비과세 되는지 문의하시기 바랍니다.)
지방세특례제한법상 부재 부동산 소유자가 아닌 자로서 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년 이내에 수용 또는 보상받은 부동산을 대체할 부동산을 취득한 경우 대체 부동산에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 사업시행자로부터 수용확인서를 발급받아 취득세 납부 신고 시 이를 함께 제출해야 합니다.
대체 취득 부동산 등의 취득세 감면신청은 대체취득 부동산에 대한 매매계약 체결 → 토지수용확인서발급신청(사업시행자)→ 취득세감면신청(관할 지자체)의 절차를 거치는데, 수용사실확인서 발급시 매매계약서의 계약자와 보상대상자가 일치해야 함을 유의해야 합니다.
토지수용확인서는 대체취득 시 보상금액의 범위 내에서 금액을 분할하여 발급받으실 수 있으나, 수용확인서를 분실한 경우 재발급이 불가하오니 보관에 유의해야 합니다.

토지등 수용사실확인서 발급과 관련하여 문의가 많은데, 결국 세금감면을 위한 것이므로 담당세무사님에게 문의하시고, 발급은 사업시행자에게 요청하시면 됩니다.
참고로 건물의 일부가 수용보상된 경우 건물 보상금에는 잔여 건축물 보수비용도 포함되어 있으므로, 사업시행자에게 건물 등 지장물 보상의 세부내역을 구분해서 발급요청하시면 됩니다.